Zaznaczanie

Istnieje kilka sposobów zanzaczania.
Select menu pozwala na szybki wybór konkretnych aminokwasów, odpowiednich dla ich typu (Ala, Gly, itp.), lub ich właściwości (takich jak kwaśne, zasadowe, w konformacji trans, z niezwykłymi kątami Phi/Psi itp).
Możliwe jest również, aby zaznaczać reszty bezpośrednio z Panelu sterowania lub w oknie "Align" po prostu klikając na ich nazwy. Alternatywnie możesz zaznaczyć reszty na ekranie,poprzez włączenie narzędzia "Pick on Screen" z menu "Select". Kiedy wszystkie reszty zostaną zaznaczone naciśnij klawisz "Esc"

Zaznaczenie grup z panelu kontrolnego

Aby wybrać grupę, po prostu kliknij na jej nazwę. Grupa podświetla się na czerwono i wszystkie inne grupy są odznaczone, chyba że trzymasz klawisz "Ctrl" (pozwala na zaznaczanie przerywane) lub "Shift"(zaznaczanie ciągłe).
Aby zaznaczyć wszystkie grupy należące do konkretnego łańcucha, wystarczy kliknąć na nazwę łańcucha, która jest wyświetlana przed nazwą grupy.
Aby zaznaczyć wszystkie warstwy w grupach lub wszystkich grup szczególnego rodzaju (kwaśny, zasadowy, polarny, nie polarny ...) w jednej operacji, należy użyć odpowiedniego narzędzia w menu "Select".

Klawisz "Ctrl" pozwala na wybór nieciągły, a klawisz "Shift" wybór ciągły. Na przykład, klikając na aminokwas numer 4, a następnie na numer 8 z "Ctrl" to zaznaczymy aminokwasy 4 i 8, a klikając na numer aminokwas 4 , a następnie na numer 8 z "Shift" otrzymamy aminokwasy od 4 do 8.

Jeśli wiesz jaki łańcuch i liczbę aminokwasów chcesz zaznaczyć, możesz po prostu użyć metody selekcji "hot typing".

Przykład:

Powiedzmy, że chcesz zaznaczyć ALA12, HIS42 i ARG65 łańcucha A; GLY15 łańcucha B i TRP1 "łańcucha bez imiennego".

Po pierwsze, będziesz musiał wpisać "a12". Zauważ, że "A" wyświetla się na czerwono na górnej pierwszej kolumnie panelu sterowania. Oznacza to, że kolejne numery zostaną automatycznie przypisane do tego łańcucha, tak że nie trzeba określać już łańcucha.
Teraz przytrzymaj klawisz "Ctrl" i wpisz "42", a następnie poczekaj pół sekundy i wpisz "65 ", poczekaj - wpisz "B15", czekaj i wreszcie przy użyciu spacji(zresetuj wybór łańcucha) i wpisz "1".
Pamiętaj, że możesz używać obojętne "a" lub "A", ponieważ nie ma to znaczenia.

Uwaga dla użytkowników PC: klawisz "control" powinien być użyty po wpisaniu numeru grupy, a nie wciskany podczas wpisywania numeru (np. z poprzedni przykład powinien zostać zmodyfikowany w następujący sposób: wpisz "12", poczekaj, wpisz "42 ", następnie wciśnij "Ctrl", poczekaj, wpisz "65", następnie "Ctrl", czekaj, i tak dalej ...

Teraz, gdy grupy są wybrane

Można pokazać wszystkie łańcuchy wybranych grup bądź ukryć wszystkie grupy klikając na słowo "side" znajdujące się w nagłówku Panelu sterowania. Jeśli chcesz pokazać łańcuchy boczne wybranych grup, bez ukrywania tych odznaczonych grup, należy wcisnąć klawisz "Ctrl" + "side"

Podobnie można wykonać to z kolorem wszystkich wybranych grup tego samego koloru. Należy kliknąć na słowo "colour" w nagłówku Panelu sterowania. Pojawi się próbnik kolorów co pozwali wybrać nowy kolor. Proszę pamiętać, że wciśnięcie "Cancel" lub wybierając czarny kolor spowoduje powrót wybranych grup atomów do ich domyślnych kolorów. Należy również zauważyć, że to kolorowanie ma wpływ na wizerunek szkieletu atomów + atomów łańcucha bocznego (tryb domyślny) czy też na wstążki segmentów w zależności od menu pop-up znajdującego się pod opcją "colour", które znajduje się w Panelu sterowania.

Możesz wyczyścić widok, wyświetlając tylko wybrane grupy, naciskając klawisz "return". W celu dodania wybranych grup do widoku bez ukrywania grup, należy nacisnąć "Shift + Return".

Można też odwrócić status wybranych grup (pokazuje ukryte grupy) przy pomocy klawisza "Enter" enterem (z klawiatury numerycznej).

Uwaga dla użytkowników PC::W zasadzie, nie można określić który z enterów jest lepszy do zastosowania tej metody. W konsekwencji, "Enter" znajduje się na klawiaturze numerycznej, działa tak samo jak klawisz "Enter" znajdujący się na głównej klawiaturze. W związku z tym funkcja opisaną wcześniej została przeniesiona na klawiaturze do klawisza "+".